អគ្គាធិការដ្ឋាន មានភារកិច្ចធានាភាពអនុលោមតាមការត្រួតពិនិត្យផ្ទៃក្នុងក្រសួងនិងមន្ទីររាជធានី-ខេត្ត តាមរយៈការត្រួតពិនិត្យជាប្រចាំឆ្នាំលើការគ្រប់គ្រងការងាររដ្ឋបាល ការរៀបចំរបាយការណ៍ហិរញ្ញវត្ថុ និងការងារបច្ចេកទេស ដើម្បីធានាបាននូវការប្រកាន់ខ្ជាប់នូវបទប្បញ្ញត្តិ ការកំណត់គម្លាតនៃភាពអនុលោមតាមច្បាប់ និងការកែលម្អ។
នាយកដ្ឋានសវនកម្មផ្ទៃក្នុង មានភារកិច្ចគ្រប់គ្រងការងារសវនកម្មលើគ្រប់វិស័យនិងអង្គភាព ដោយពិនិត្យលើកំណត់ត្រាហិរញ្ញវត្ថុ ការវាយតម្លៃភាពអនុលោមតាមបទប្បញ្ញត្តិ និងការវាយតម្លៃការអនុវត្តប្រតិបត្តិការរបស់អង្គភាពថ្នាក់កណ្តាលនិងមន្ទីររាជធានី-ខេត្ត។ បន្ថែមពីនេះ នាយកដ្ឋានទទួលខុសត្រូវក្នុងការបង្កើនវិធានការត្រួតពិនិត្យផ្ទៃក្នុង ការបង្ហាញរបាយការណ៍សវនកម្ម ការផ្តល់អនុសាសន៍សម្រាប់សកម្មភាពកែតម្រូវ ការលើកកម្ពស់គណនេយ្យភាពនិងគុណភាពសេវាកម្មនៅគ្រប់ផ្នែក និងការត្រួតពិនិត្យជាចាំបាច់ ដែលគាំទ្រដល់ការអនុវត្តប្រកបដោយក្រមសីលធម៌ ដើម្បីទប់ស្កាត់អំពើពុករលួយ។