អគ្គនាយកដ្ឋានធនធានរ៉ែ មានតួនាទីក្នុងការដឹកនាំ គ្រប់គ្រង និងអភិវឌ្ឍការងារពាក់ព័ន្ធនឹងផែនការសេដ្ឋកិច្ចធនធានរ៉ែ ភូគព្ភសាស្ត្រ-រ៉ែ ឧស្សាហកម្មអាជីវកម្មធនធានរ៉ែ រ៉ែខ្សាច់សំណង់ រ៉ែថ្មសំណង់ និងការត្រួតពិនិត្យប្រតិបត្តិការធនធានរ៉ែ ដើម្បីអនុលោមតាមគោលនយោបាយរបស់រាជរដ្ឋាភិបាល ក្របខណ្ឌច្បាប់ និងបទប្បញ្ញត្តិដែលមានជាធរមាន។ តួនាទីទាំងអស់របស់អគ្គនាយកដ្ឋានធនធានរ៉ែ គឺស្របតាមចក្ខុវិស័យរបស់រាជរដ្ឋាភិបាលកម្ពុជាសម្រាប់ការអភិវឌ្ឍវិស័យរ៉ែ ក្រោមគោលដៅ «អភិវឌ្ឍធនធានរ៉ែដើម្បីជាប្រយោជន៍សេដ្ឋកិច្ចនិងសង្គម ប្រកបដោយអភិបាលកិច្ចល្អនិងការទទួលខុសត្រូវខ្ពស់ផ្នែកបរិស្ថាន»។ ការងារនេះ ត្រូវបានអនុវត្តតាមរយៈនាយកដ្ឋានជំនាញដូចខាងក្រោម៖
- នាយកដ្ឋានផែនការសេដ្ឋកិច្ចធនធានរ៉ែ
- នាយកដ្ឋានភូគព្ភសាស្ត្រ-រ៉ែ
- នាយកដ្ឋានឧស្សាហកម្មអាជីវកម្មធនធានរ៉ែ
- នាយកដ្ឋានអាជីវកម្មរ៉ែថ្មសំណង់
- នាយកដ្ឋានរ៉ែខ្សាច់សំណង់
- នាយកដ្ឋានត្រួតពិនិត្យប្រតិបត្តិការធនធានរ៉ែ